1、有机质谱仪：
由于应用特点不同又分为：
(1)气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)
在这类仪器中，由于质谱仪质谱仪工作原理不同，又有气相色谱-四极质谱仪、气相色谱-飞行时间质谱仪、气相色谱-离子阱质谱仪等。
(2)液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)
同样，有液相色谱-四器极质谱仪、液相色谱-离子阱质谱仪、液相色谱-飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱联用仪。
(3)其他有机质谱仪，主要有：基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)、傅里叶变换质谱仪(FT-MS)。
2、无机质谱仪：
包括：火花源双聚焦质谱仪(SSMS)、感应耦合等离子体质谱仪(ICP-MS)、二次离子质谱仪(SIMS)等。
3、同位素质谱仪：
包括：进行轻元素(H、C、S)同位素分析的小型低分辨率同位素质谱仪和进行重元素(U、Pu、Pb)同位素分析的具有较高分辨率的大型同位素质谱仪。
4、气体分析质谱仪：
主要有：呼气质谱仪、氦质谱检漏仪等。
除以上分类外，还可以从质谱仪所用的质量分析器的不同，将质谱仪分为双聚焦质谱仪、四极杆质谱仪、飞行时间质谱仪、离子阱质谱仪、傅里叶变换质谱仪等。
